MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/440/LN complete genome

Total Repeats: 20319

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020937	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447724
2	NC_020937	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478447724
3	NC_020937	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447724
4	NC_020937	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
5	NC_020937	GA	3	6	212	217	50 %	0 %	50 %	0 %	478447724
6	NC_020937	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447724
7	NC_020937	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447724
8	NC_020937	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
9	NC_020937	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447724
10	NC_020937	GGGA	2	8	394	401	25 %	0 %	75 %	0 %	478447724
11	NC_020937	CAG	2	6	413	418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447724
12	NC_020937	GCT	2	6	532	537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447724
13	NC_020937	AGTG	2	8	544	551	25 %	25 %	50 %	0 %	478447724
14	NC_020937	ATT	2	6	557	562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447724
15	NC_020937	TGGC	2	8	578	585	0 %	25 %	50 %	25 %	478447724
16	NC_020937	GCC	2	6	601	606	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478447724
17	NC_020937	TGC	2	6	660	665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447724
18	NC_020937	ATT	2	6	672	677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447724
19	NC_020937	CGA	2	6	694	699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447724
20	NC_020937	TAT	2	6	836	841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447724
21	NC_020937	AG	3	6	844	849	50 %	0 %	50 %	0 %	478447724
22	NC_020937	GAA	2	6	883	888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447724
23	NC_020937	AGA	2	6	912	917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447724
24	NC_020937	AGA	2	6	966	971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447724
25	NC_020937	CAA	2	6	1039	1044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447724
26	NC_020937	AATG	2	8	1063	1070	50 %	25 %	25 %	0 %	478447724
27	NC_020937	TTG	2	6	1182	1187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447724
28	NC_020937	CTC	2	6	1211	1216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447724
29	NC_020937	GAT	2	6	1273	1278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
30	NC_020937	GAT	2	6	1327	1332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
31	NC_020937	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478447724
32	NC_020937	ATG	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
33	NC_020937	CTAT	2	8	1397	1404	25 %	50 %	0 %	25 %	478447724
34	NC_020937	CTT	2	6	1610	1615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447724
35	NC_020937	CAG	2	6	1675	1680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447724
36	NC_020937	TGA	2	6	1736	1741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
37	NC_020937	ATG	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447725
38	NC_020937	GTG	2	6	1939	1944	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447725
39	NC_020937	TCC	2	6	1948	1953	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447725
40	NC_020937	AGC	2	6	1962	1967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447725
41	NC_020937	T	6	6	1981	1986	0 %	100 %	0 %	0 %	478447725
42	NC_020937	AGC	2	6	1989	1994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447725
43	NC_020937	AAG	2	6	2000	2005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447725
44	NC_020937	TAC	2	6	2038	2043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447725
45	NC_020937	GCT	2	6	2048	2053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447725
46	NC_020937	AGTA	2	8	2086	2093	50 %	25 %	25 %	0 %	478447725
47	NC_020937	AAC	2	6	2146	2151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447725
48	NC_020937	AGA	2	6	2158	2163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447725
49	NC_020937	AGA	2	6	2414	2419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447726
50	NC_020937	ATC	2	6	2421	2426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447726
51	NC_020937	TGC	2	6	2441	2446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447726
52	NC_020937	ATGA	2	8	2490	2497	50 %	25 %	25 %	0 %	478447726
53	NC_020937	GATA	2	8	2528	2535	50 %	25 %	25 %	0 %	478447726
54	NC_020937	CAT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447726
55	NC_020937	AGA	2	6	2594	2599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447726
56	NC_020937	AAG	2	6	2623	2628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447726
57	NC_020937	GGA	2	6	2658	2663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447726
58	NC_020937	AG	3	6	2750	2755	50 %	0 %	50 %	0 %	478447727
59	NC_020937	ATC	2	6	2787	2792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447727
60	NC_020937	TC	3	6	2831	2836	0 %	50 %	0 %	50 %	478447727
61	NC_020937	ATA	2	6	2937	2942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447727
62	NC_020937	AAC	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447727
63	NC_020937	GGT	2	6	3016	3021	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447727
64	NC_020937	AAT	2	6	3122	3127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447727
65	NC_020937	TTC	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447727
66	NC_020937	GCA	2	6	3176	3181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447727
67	NC_020937	GGA	2	6	3224	3229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447727
68	NC_020937	CAG	2	6	3243	3248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447727
69	NC_020937	GTT	2	6	3260	3265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447727
70	NC_020937	GGT	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447727
71	NC_020937	GA	3	6	3418	3423	50 %	0 %	50 %	0 %	478447727
72	NC_020937	T	6	6	3425	3430	0 %	100 %	0 %	0 %	478447727
73	NC_020937	AAG	2	6	3510	3515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447727
74	NC_020937	ATT	2	6	3572	3577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447727
75	NC_020937	TTG	2	6	3624	3629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447727
76	NC_020937	CATG	2	8	3706	3713	25 %	25 %	25 %	25 %	478447727
77	NC_020937	AAG	2	6	3735	3740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447727
78	NC_020937	AAG	2	6	3750	3755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447727
79	NC_020937	CAG	2	6	3792	3797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447727
80	NC_020937	GCT	2	6	3863	3868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447727
81	NC_020937	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478447727
82	NC_020937	TTCC	2	8	4011	4018	0 %	50 %	0 %	50 %	478447727
83	NC_020937	AAG	2	6	4029	4034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447727
84	NC_020937	CAG	2	6	4079	4084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447727
85	NC_020937	GGA	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447727
86	NC_020937	AAT	2	6	4176	4181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447727
87	NC_020937	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478447728
88	NC_020937	ATT	2	6	4256	4261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447728
89	NC_020937	TGA	2	6	4286	4291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447728
90	NC_020937	TTTA	2	8	4409	4416	25 %	75 %	0 %	0 %	478447728
91	NC_020937	GTA	2	6	4518	4523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447728
92	NC_020937	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478447728
93	NC_020937	AGA	2	6	4565	4570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447728
94	NC_020937	ATCC	2	8	4709	4716	25 %	25 %	0 %	50 %	478447728
95	NC_020937	GAA	2	6	4749	4754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447728
96	NC_020937	CGT	2	6	4881	4886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447728
97	NC_020937	A	7	7	4925	4931	100 %	0 %	0 %	0 %	478447728
98	NC_020937	GTT	2	6	4932	4937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447728
99	NC_020937	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478447728
100	NC_020937	A	7	7	4971	4977	100 %	0 %	0 %	0 %	478447728
101	NC_020937	TGA	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447728
102	NC_020937	AT	3	6	5111	5116	50 %	50 %	0 %	0 %	478447728
103	NC_020937	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478447728
104	NC_020937	TTG	2	6	5164	5169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447728
105	NC_020937	TTC	2	6	5305	5310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447728
106	NC_020937	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447728
107	NC_020937	AGA	2	6	5417	5422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447728
108	NC_020937	GTT	2	6	5444	5449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447728
109	NC_020937	GACG	2	8	5456	5463	25 %	0 %	50 %	25 %	478447728
110	NC_020937	GGT	2	6	5492	5497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447728
111	NC_020937	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478447728
112	NC_020937	TTGG	2	8	5559	5566	0 %	50 %	50 %	0 %	478447728
113	NC_020937	CTC	2	6	5596	5601	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447728
114	NC_020937	AGC	2	6	5627	5632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447728
115	NC_020937	ATT	2	6	5746	5751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447729
116	NC_020937	TCT	2	6	5764	5769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447729
117	NC_020937	GCT	2	6	5810	5815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447729
118	NC_020937	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478447729
119	NC_020937	GAT	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447729
120	NC_020937	TC	3	6	5861	5866	0 %	50 %	0 %	50 %	478447729
121	NC_020937	GA	3	6	5872	5877	50 %	0 %	50 %	0 %	478447729
122	NC_020937	ACG	2	6	5883	5888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447729
123	NC_020937	GAA	2	6	5907	5912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447729
124	NC_020937	TGGA	2	8	5920	5927	25 %	25 %	50 %	0 %	478447729
125	NC_020937	AT	3	6	5976	5981	50 %	50 %	0 %	0 %	478447729
126	NC_020937	AGA	3	9	5984	5992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447729
127	NC_020937	GCT	2	6	5993	5998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447729
128	NC_020937	AGA	2	6	6002	6007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447729
129	NC_020937	TGG	2	6	6038	6043	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447729
130	NC_020937	AGA	3	9	6056	6064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447729
131	NC_020937	GGA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447729
132	NC_020937	TG	3	6	6129	6134	0 %	50 %	50 %	0 %	478447729
133	NC_020937	TA	3	6	6200	6205	50 %	50 %	0 %	0 %	478447729
134	NC_020937	T	6	6	6207	6212	0 %	100 %	0 %	0 %	478447729
135	NC_020937	TCA	2	6	6250	6255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447729
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